1、引起燒根燒苗。不發(fā)酵的畜禽糞便施到農(nóng)田，因?yàn)榘l(fā)酵不徹底，會(huì)發(fā)生“二次發(fā)酵”的現(xiàn)象，當(dāng)發(fā)酵部位距根較近或作物植株較小時(shí)，發(fā)酵產(chǎn)生的熱量會(huì)影響作物生長(zhǎng)，引起“燒根、燒苗”，嚴(yán)重時(shí)會(huì)導(dǎo)致植株死亡；從養(yǎng)殖場(chǎng)購(gòu)買的糞便含有大量火堿(養(yǎng)殖場(chǎng)用火堿消毒)，即便發(fā)酵也消除不了，火堿造成燒根。

2、病蟲害的威脅。糞便中含有大腸菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會(huì)導(dǎo)致病蟲害的傳播、作物發(fā)病，對(duì)食用農(nóng)產(chǎn)品的人的身體健康也會(huì)產(chǎn)生影響；未腐熟有機(jī)物質(zhì)在土壤中發(fā)酵時(shí)，容易滋生病菌與蟲害，導(dǎo)致植物病蟲害的發(fā)生。

3、產(chǎn)生毒氣危害。未腐熟的糞便在分解的過程中產(chǎn)生甲烷、氨等有害氣體，使土壤和作物產(chǎn)生酸害和根系損傷。

4、導(dǎo)致土壤缺氧。未腐熟的糞便在分解的過程中會(huì)消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時(shí)性地處于缺氧狀態(tài)，在這種缺氧狀態(tài)下，會(huì)使作物生長(zhǎng)受抑制。

5、大量養(yǎng)分流失。在傳統(tǒng)堆漚糞便的過程中，由于自然分解、風(fēng)吹雨淋等原因，氮磷鉀等養(yǎng)分浪費(fèi)流失十分嚴(yán)重，一般利用率只有50%。

6、營(yíng)養(yǎng)釋放與樹體需肥不同步。秋季施入未經(jīng)腐熟的有機(jī)肥，由于土壤溫度低，在地下腐熟需要較長(zhǎng)時(shí)間。第二年春季，樹體需要大量的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，而緩慢腐熟的有機(jī)肥釋放出的有限的有機(jī)營(yíng)養(yǎng)根本無法滿足樹體的需要。同時(shí)，在腐熟過程中微生物還會(huì)消耗一部分果樹根系營(yíng)養(yǎng)中原有的營(yíng)養(yǎng)元素（如氮肥），樹體往往出現(xiàn)營(yíng)養(yǎng)不良。進(jìn)入夏秋季后，雨量增加，地溫快速上升，腐熟速度明顯加快，釋放出更多的可被樹體吸收的有機(jī)營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，導(dǎo)致樹體生長(zhǎng)加快，大量冒條，果實(shí)著色不良，營(yíng)養(yǎng)生　長(zhǎng)過剩，花芽分化能力差，使樹體營(yíng)養(yǎng)供給失調(diào)。有人曾經(jīng)對(duì)施入生糞的果園掘土調(diào)查，發(fā)現(xiàn)3年后仍有部分生糞還是原來狀態(tài)。
    由此可見，生糞或是未腐熟的動(dòng)物糞便不能直接施入農(nóng)田，否則會(huì)給農(nóng)作物帶來危害，而長(zhǎng)期使用未發(fā)酵的糞便直接還田，后果會(huì)更為嚴(yán)重，會(huì)加重作物發(fā)病率。同時(shí)，還會(huì)致使土壤中的蚯蚓以及各種有益微生物種類和數(shù)目銳減，從而導(dǎo)致肥力流失，加重土壤板結(jié)。

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